電影: Wataru Takagi

朝倉都知事收到一封神秘的恐嚇信，內容為：「對於你那4年執政中桀驁不馴的態度，上天將給予懲罰！」。隔天，由都知事主導開通的新地下鐵隧道遭到炸毀。雖然多虧柯南知道恐嚇信而使得這次爆破事件沒有人員傷亡，但是奪取都知事性命失敗的犯人勢必將再次犯案，並帶來更大的災害，調查朝倉都知事歷年事政的柯南，察覺到極有可能是在國土交通大臣時代所推動的水庫建設案中，懷有恨意的犯人就在那相關關係人等之中，因此決定進行深度搜查。 因為水庫的建造，沉入湖底的新潟縣北之澤村村民遷移到鄰近土地已有5年了，在這5周年紀念的日子裏...

與毛利小五郎有關係的人一個個都遭到不明兇手的襲擊。兇手襲擊後都會留下一張花色為黑桃的撲克牌，因而警方將兇手指向是曾任賭場荷官且被毛利逮捕的村上丈，但這只是兇手的圈套。兇手透過某些管道得知村上丈善於玩撲克牌，加上村上丈曾經被當時任職刑警的毛利小五郎逮捕，進入米花監獄服刑。兇手先殺害村上丈，並因兇手想要殺害的人名字中都有數字的緣故，遂使用撲克牌行兇嫁禍給村上丈。 後來柯南發現，村上丈是左撇子，而兇手卻是右撇子，而故在東京灣的行兇完全不是村上丈所為。透過當時被踢翻的飲料飛濺在兇手褲子上的痕跡、小山內...

梵高名畫《向日葵》被發現，並將在紐約拍賣，然而在《向日葵》的發現地卻發生了殺人事件。...

怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室祕寶「記憶彩蛋」。柯南與服部聯合保護「記憶彩蛋」，因毛利小五郎將作案時間推理錯誤使基德得逞，但基德於逃走中途被不明人物狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。...

某一天，毛利偵探事務所接到了知名舞台劇女演員牧樹里的委託。委託內容是關於怪盜基德的預告信，信中指出怪盜基德將在舞台上奪取牧樹里佩帶的藍寶石戒指——「命運的寶石」。在劇場裏錯綜複雜的人群中，怪盜基德到底會假扮成誰出現在大家面前？ 不過，「命運的寶石」終究是保護住了，牧樹里為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裏，一幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。江戶川柯南除了要防止怪盜基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底江戶川柯南...

...

在某個漆黑的夜晚，日本警察內部遭到間諜入侵。間諜企圖竊取英國的MI6、德國的BND與美國的CIA甚至FBI的機密資料，在千鈞一髮之際被安室透率領的公安警察發現。間諜只好搶車逃走，在高速公路上與安室展開競速追逐，在險些波及其他車輛而釀成重大事故的瞬間，間諜的車被FBI的赤井秀一的來福槍子彈擊中，並從公路上墜落。隔天，柯南等人到改建後盛況空前的東都水族館遊覽。 在作為特色景點的大型摩天輪下，柯南發現一位外貌端莊、孤身一人的受傷女性，又看出她左右瞳孔顏色相異，也就是俗稱的「odd-eyes」。但是，...

...

毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。「藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……」——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。...

「魔法王國路希斯是神聖水晶之鄉，而尼弗海姆（Niflheim）帝國來勢洶洶，不擇手段想要奪取水晶。兩國之間展開了曠日持久的戰爭。路希斯國王雷吉斯麾下有一支精銳部隊「王者之劍」。尼克斯·烏爾里克和他的隊員們揮舞着國王賦予的魔法，站在王都--因索姆尼亞（Insomnia）前，阻止尼弗海姆的帝國軍隊進犯。然而在帝國壓倒性的軍事力量面前，雷吉斯國王因年老力衰幾無能力反抗，僅能固守王都，此時敵國宰相艾汀卻前來要求和談，以割讓王都以外的土地為條件並且讓路希斯王國王子諾克提斯與尼弗海姆附屬國特涅布萊耶王國公主...

...

滿月之夜的鑽石偷盜事件，怪盜基德擺脫了警察的包圍網，華麗地逃走了。江戶川柯南在獨自追捕基德時，遭遇了石川五右衛門的襲擊。柯南方才明白是雷朋三世假扮基德犯案，而這次的對手將是雷朋三世。 雷朋三世之後將目標轉向「幻之秘寶」櫻桃藍寶石。收到雷朋三世預告函的目暮十三等人，迎來了雷朋三世潛入搜查官錢形幸一，他們開始合力抓捕雷朋三世。雷朋三世則在寶石順利得手後，聽從峰不二子的要求，將寶石交給了神秘男子亞倫·史密西。他的目的到底是什麼？ 與此同時，來到日本的還有超人氣海外偶像艾米力歐·巴瑞帝。但艾米力歐收...

柯南、小蘭、毛利小五郎以及少年偵探團等人，一同參加了神盾艦的體驗航海活動，在日本海上自衛隊員的示範下，親眼見識到氣勢非凡的空中對戰演習。這時候，神祕的敵軍突然來襲，演習旋即變成了真實的激烈對戰!小蘭與少年偵探團成員看到眼前的這一切，感到十分恐懼與不安。在海上自衛隊冷靜的應對處理下，戰況總算平息了下來，但是卻摸不清敵人的目的為何。在此同時，艦裏發現了一隻自衛隊員的左手殘肢，那隻手上戴了一隻時間停滯在上午5時30分的手錶……在如此不尋常的事態下，大阪府警方與京都府警方也緊急出動直升機前來現場，協力展...

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

開場由警官驅車追捕兩個搶超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的駕駛技術迫使罪犯的汽車翻車，當問及作案動機時，罪犯吐出在神海島上有「Jolly Roger」。 而柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安·寶尼」、「瑪麗·麗德」所遺留下來的寶藏傳說。 在毛利小五郎的帶領下，小五郎、小蘭、園子、阿笠博士、少年偵探團一行人來到神海島。小蘭與園子在海底宮殿附近海底潛水，少年偵探團則在玩神海島觀光安排的...

「我想請你們幫我解決某起事件，但如果你們失敗的話……」 在神秘委託人的招待下，小五郎與柯南一行人來到了神奈川縣橫濱市。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 「你能了解失去心愛的人，是什麼樣的心情嗎？工藤。」 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的青梅竹馬遠山和葉...

...

...

大阪 京都，正在錄製"皐月杯"百人一首記者會的大阪地標·日賣電視台突然發生爆炸，千鈞一髮之際，急忙趕來的柯南救出了被困在崩塌大樓中的平次與和葉，而另一側，"皐月杯"冠軍在京都屋內遭人殺害，監控器裡所顯示出的是——紅葉...原作中的重要角色，百人一首高中生冠軍，自稱"平次未婚妻"的大岡紅葉，將首次在劇場版中登場，新一和小蘭的關係也將發生變化......

身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉)，開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險絕...